早期歷史
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参见：幕末、长州征讨和戊辰战争
幕末時日本諸藩當中，以薩摩藩和長州藩最具政治上的影響力高喊高舉「攘夷」大旗，兩藩對於「開國」的幕府不滿，與朝廷聯手逼迫幕府轉向「攘夷」，繼而不惜主動挑起與西洋諸國的事端。薩摩與幕府對長州作戰，種下傳統武士的不滿加深日後武力討伐幕府的種子。1866年1月21日，在坂本龍馬的中介下，薩摩藩與長州藩締結同盟，決定在倒幕上合作。1867年11月9日，幕府将军德川庆喜眼見薩長同盟的威脅，決定先行上奏明治天皇，提出大政奉还，翌日获得敕许，将260年来由德川幕府掌握的政权交还天皇，並创设以德川家為中心的新政府，德川家将作为政治中枢继续掌握实权。公家的岩仓具视和萨摩藩的大久保利通等讨幕派見此，策劃政变以阻止亲德川派建立以德川家為中心的新政府。在1868年1月3日明治天皇召开的最后一次朝议後，萨摩等五個藩的军队封鎖了京都御所的九门，禁止亲德川派的摄政二条齐敬和贺阳宫朝彦亲王进宫。随后，明治天皇在京都御所内学问所发布了「王政复古大号令」，並在当天进行的小御所会议上，决定了要幕府将军德川庆喜向天皇交还内大臣官职和领地。[9]此事刺激了德川庆喜，更激化了德川庆喜與讨幕派的对立。
1868年1月中，亲德川派的会津藩、桑名藩以谒见天皇为名，从大坂向京都进军。同时，以萨摩和长州两藩军队为主力的讨幕軍亦在京都重兵集结，双方在京都南郊的鸟羽、伏见爆发武装冲突，即鸟羽伏见之战，內戰戊辰戰爭爆發。讨幕派的萨长军获得鸟羽伏见之战的胜利。德川庆喜战後於庆应4年1月6日放弃大阪城，並由海路逃往江户。1月31日，天皇发布讨伐德川庆喜的命令，並在2月3日剥夺了德川的官职。以萨摩、长州等藩兵为主力的讨幕军，相继从京都出发。3月12至13日，讨幕军隊到達江户城外。經過一連場談判後，讨幕军统帅西乡隆盛成功劝服德川庆喜投降，於4月21日和平接收江户。事後德川庆喜遭到软禁，江戶時代結束。
君主憲政
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主条目：明治維新
早期的日本議會
明治天皇于1868年4月6日发表《五条御誓文》，开启了明治维新的历史序幕。自1868年開始日本进行了多项改革[10]。在德川庆喜被迫使交還權力後，讨幕军征讨由仙台藩的伊达氏作為盟主的奥羽越列藩同盟等殘餘幕府势力。幕府軍在接連敗仗後，在1869年1月北上佔領五稜郭，将领榎本武揚宣布成立蝦夷共和國，並和讨幕軍之間爆發箱館戰爭[11]。1869年6月27日，榎本武扬宣佈投降，隨着幕府势力的抵抗消失，日本全境統一。
幕府軍投降之後，新政府廢藩置縣及廢除大名，並宣布在北海道全境設11國86郡。1868年，明治新政府宣布設立後箱館裁判所（日语：箱館裁判所），便將北海道納入新政府統治之內[12]。1869年天皇和新政府迁都，从京都移驻江户，并把江户改称为东京。同年，新政府創建了開拓使，北海道開始進入大規模開發時代。除了政府動員的移民之外，亦有自發性的大規模移民，其代表例為帶廣的晩成社[13]。為了加強國防，還設置了屯田兵制度[14]。1882年，開拓使被廢止，政府改設函館縣、札幌縣、根室縣三個縣來管理北海道（三县一局时代）[15]:28-30。1886年，政府決定廢除三縣，改設北海道廳（日语：北海道庁 (1886-1947)）[15]:31-33。
日本後來有出兵臺灣之議[16][17]。1871年10月，一艘琉球國船隻於颱風後漂流至臺灣東南部[18]，其中54名登島乘客被原住民出草殺害，史稱八瑤灣事件[19]。由於當時琉球國同時向日本和清朝朝貢，而清廷表示將事件交由日本處理[註 2]，日本因而在1874年5月攻打臺灣南部排灣族部落，是為「牡丹社事件」[20]。在駐华英國公使調停下，日清兩國簽訂《北京專約》。1871年12月23日，岩仓使节团出使外國。1873年，日本政府取消了自豐臣秀吉起，基督教傳教士在日本國內傳教的禁令。
明治初期，政府內長州與薩摩兩派摩擦越來越烈，不久政治家板垣退助提出的征韩论引致明治政府的內部冲突，於1873年10月爆發明治六年政变，事件中大久保利通等人成功说服明治天皇擱置征韩。事後征韩论领导者板垣退助宣布下野，連同六百多名军人及官员离开政府。直至1874年，已經下野的板垣退助、后藤象二郎等人撰写民撰议院设立建白书，向明治政府表达开设民选议会的期望，是一份肇始日本自由民权运动的文书。由於大量士族在明治維新的過程中失業，舊藩士在新政下生活困苦，西乡隆盛引發1877年的内战西南战爭。[21][22]
1875年，與俄國簽訂《樺太千島交換條約》，日本获得堪察加半岛以南的整个千岛群岛的主权、鄂霍次克海的捕鱼权和其周边俄國港口十年的免费使用权，条件为讓出整个桦太的主权予俄国。板垣退助雖然於明治六年政变失敗，但是征韩论始终未有失势。1875年9月，發生了江华岛事件，最終使日朝雙方簽訂江华条约，日本最终透过条约打开朝鲜国门，取得了自由勘测朝鲜海口、领事裁判权、贸易等权利，並承认朝鲜为独立国。1877年，西乡隆盛以「清君側」為名，發起西南戰爭討伐明治政府，最終薩摩兵敗。
曾兩度出任大日本帝国內閣總理大臣的山县有朋，被普遍認為是日本軍國主義之父。在山县任內颁布的《教育敕语》，其宗旨成为該時期日本教育的主軸
1878年，實行地方三新法。引發各地不安，1878年5月14日，明治维新元勋大久保利通在东京的纪尾井町清水谷遭到暗杀。1878年8月23日，發生竹桥事件，驻扎在竹桥附近的帝国陆军近卫军发起武装叛乱。1879年，日本政府將《北京專約》中的「琉球人」詮釋為「日本國屬民」，染指中國自明清兩朝以來的朝贡国琉球国，藉此機會在1879年8月31日吞并了琉球，琉球王国灭亡[23]，并改设为冲绳县。1880年，国会期成同盟結成，是自爱国社等组织改称发展而成的组织。借着这个组织，国会开设运动得以发展成全国性的运动。1881年，發生自由民權運動，自1874年民撰議院設立建白書递交以来，该运动的分子就向明治政府表達一系列开设议会、保障自由等期望。1880年，元老院按明治天皇的要求制定了《日本国国宪按》，並將此作为草案提交。此外，时任大藏卿的大隈重信与自由民權運動組織互相呼应，也提出了自己的《宪法意见》，这使得他与伊藤博文不和。而《日本国国宪按》规定了天皇需遵守宪法，并给予議會很大权力，亦遭到了伊藤博文、岩仓具视等人的反对，与大隈的意见一样，未能获得最终通过。在明治十四年政变中，岩仓具视最终以财政政策失政為由褫夺大隈重信参议一职。大隈被罷免後，天皇隨即颁布开设国会的敕谕。大隈垮台後，松方正義接任大藏大臣和内务大臣，上任后推行松方通貨緊縮，削减政府开支，改革地税改革、设置有权发行可兑换钞票的央行日本银行和兑换制度。三年後，通货膨胀得到控制，政府的财政状况有所好转。
建於1883年的東京鹿鳴館，是明治維新時期日本脱離亞洲、全面西化的象徵。俄國在十七世紀末進行的西化改革，成為日本西化的參照
1882年8月，山縣有朋在一份意見書中認為，目前不存在歐洲各國入侵日本的可能性。就在這一時期，沙俄將其對外政策的重心從西方移到遠東，準備修建一條橫貫西伯利亞的鐵路，企圖控制太平洋上的一切國際商業活動，這引起了日本的警覺。1882年，朝鲜發生壬午事變，兴宣大院君兵变成功掌握政权後不久，即被清朝朝鲜事务大臣吴长庆、帮办大臣袁世凯平定，清方将兴宣大院君监禁于直隶保定。事件中，當地日本公使馆被焚，多名日本僑民遇害，日本公使花房义质亦經济物浦乘船返回日本求援。同年8月12日，花房义质带着日军一千五百人和四艘军舰回到汉城，要求朝鲜政府赔偿损失，以及同意日军驻扎朝鲜。8月30日，日朝雙方就上述内容签订了《济物浦条约》，日本获得了在朝鲜的驻兵权。1884年12月4日，朝鲜发生甲申政变，开化党人挟持朝鮮高宗李㷩，矫诏称清军作乱，請求日方派兵支援，日军藉此占领朝鲜王宫。至12月6日清軍入宫，击败开化党人和日军。政变失败後，日方於1885年派井上馨與载着军隊的兵舰六艘登陸朝鲜济物浦，要求朝鲜賠償損失，朝鲜在日本威脋下签署了《汉城条约》，同意日本在汉城增置戍兵。1885年4月，日本與清方簽訂《朝鲜撤兵条约》，雙方皆從朝鲜半島撤军。日本虽然撤走了驻朝军队，但保留随时派兵到朝鲜半島的权利，为以後的中日甲午战争埋下伏筆。
1885年12月22日，伊藤博文基于内阁职权组成第一任内阁，并担任首任内阁总理大臣。1889年，《大日本帝國憲法》發布。同年12月，山縣有朋組閣，山縣出任內閣總理大臣不久，向內閣提出了《外交政略論》和在1888年寫成的《軍事意見書》。《外交政略論》以明治政權海外擴張的基本國策為基礎，將當時視清帝國為其宗主國的朝鮮、以及滿洲劃入其利益線之內。為了防止俄國染指這些地區，山縣有朋大肆擴充日本海陸軍；還出台了《出師儲備物資管理委員會條例》、《戰時大本營條例》和《海軍軍令部條例》。1890年7月1日，日本舉行第1屆日本眾議院議員總選舉。同年10月30日颁布《教育敕语》，其宗旨成为战前日本教育的主轴，該文件由山县有朋内阁的内阁法制局长官井上毅等人负责起草。1890年11月29日召集第1回帝國議會。1891年，軍事工程师下濑雅允研制出下濑火药，後來被使用在中日甲午战争及日俄戰爭中。
甲午战争
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主条目：日清战争
1894年1月11日至1895年3月29日，朝鮮發生東學黨起義，成为中日甲午战争的导火线。東學黨起義中，日清按1885年《朝鲜撤兵条约》同時出兵朝鮮半島，起义平息后日本要求继续驻兵被拒，其後扣留朝鮮高宗李㷩，任命大院君李昰应主理朝鮮國事。1894年7月16日，日本与英国签署《日英通商航海条约》，条约由日方代表青木周藏與英方代表约翰·伍德霍斯在伦敦签署。促成条约签订的官员，包括日方的陆奥宗光，英方的休·弗雷泽 、约翰·哈林顿·歌宾斯。条约規定由1899年7月17日开始，在日本的英国国民会受到日本法律的限制，而非英国法律与领事法庭。以往根据德川幕府与外国人的相关协定，在条约港居住的外国人，由该人的所屬國家制定的法例管制。该条约的签訂促成了1902年締结的日英同盟。1893年，化学家长井长义自麻黄碱合成出甲基苯丙胺，甲基苯丙胺後來被廣泛作軍事用途。
1894年8月1日，中日甲午战争爆發[24]。1895年2月，清軍戰敗後，派李鴻章代表清廷在日本签订了《马关条约》，日本在此條約中獲得了臺灣和澎湖群島的主權以及二億兩白银的巨額賠款[25]。臺湾住民因不滿《马关条约》的簽訂，於1895年5月29日爆發乙未戰爭。至1895年11月18日起，經過理蕃政策的執行，台灣原住民各政權亦紛紛因武力的征伐而納入日本殖民地。
1900年6月中國爆發義和團事件，日本派出陆军第5师团參與了八国联军之役。1900年，俄国趁八国联军之役，出兵佔據中国东北地区，在清廷与各国议和后，俄国仍然不撤兵。1901年，高峰让吉首次分离出肾上腺素。1901年4月29日，皇太孫迪宮裕仁親王（昭和天皇）出生。1902年1月30日，日英雙方结成同盟，日英兩国希望藉盟約鉗制俄国和德国在远东的发展。
日俄戰爭
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主条目：日俄戰爭
日俄戰爭中的眾日本陸軍步槍兵
1904年日俄戰爭爆發，日本取得決定性勝利，但由于战争导致财政恶化，而俄国亦爆发血腥星期日革命事件，两国要继续战争都很困难。1905年1月日露战争期間，夏目漱石的長篇小説《吾輩乃貓也》開始在《子規》雜誌上連載，成為日本文學史上的一部名著。1905年9月5日，日俄兩国在美国总统西奥多·罗斯福的中介下签署《朴次茅斯和约》，结束了战争。日本戰後取得樺太北緯50度以南的部分[26]，這樣的战争赔偿與日本國民的期望有落差，最終引发1905年9月5日的日比谷纵火事件。日本在《朴次茅斯和约》中取得俄國东清铁路长春至旅顺段的控制权，及後改称该铁路为南满铁路。1906年，南滿州鐵道設立，旨在垄断滿州地区的鐵道运输。
吞并朝鲜
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主条目：日韓合併
1907年3月，在上野公園舉行的東京勸業博覽會
1907年，大韩帝国高宗派遣至海牙的密使任务失败，事後日本藉事件逼使韩国高宗让位。1908年，日本无政府主义者引发赤旗事件，与警察发生冲突，最終演变成械斗事件。
日本在甲午战争之後，將原本朝鮮王國的宗主國大清帝國逼退，朝鮮王國也改為大韓帝國，而後成為日本的保護國；日本政治界對韓國問題頗多關注，認為應該要立即性的合併，唯有元老伊藤博文因為國際觀感因素，強力反對。1909年10月26日伊藤博文被韓國刺客安重根暗殺之後，主張「立刻合併派」成為日本主流。雖然韓國出現如李容九、宋秉畯等人為首的「一進會」主張日韓「平等合併」，共同創造新的聯邦政府，但已經無力回天，日本宣佈吞併朝鲜。日韓合併的結果導致大韓帝國（朝鮮王國）的滅亡，朝鮮半島成為日本領土的一部份，朝鲜总督府成為日本在朝鮮的最高統治機關。1910年8月22日大日本帝国基於《日韓合併條約》，將朝鮮併入版圖；此舉象徵朝鮮歷史上長久做為獨立國家地位的中斷，以及朝鮮日據時期的開始。[27]
1910年，化学家鈴木梅太郎从米糠中提取出了抗脚气病酸，將它命名為硫胺（维生素B1）。1912年7月30日，明治天皇駕崩，其子嘉仁繼位，改元大正，是為大正時代。同年末，因為陸軍倒閣而引起第一次護憲運動（日语：大正デモクラシー），事情导致1913年第三次桂内阁倒阁事件，日本開始出現政黨政治。1914年1月的西门子事件，最终导致执政14个月的第1次山本内阁总辞。
一战景氣
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主条目：青島戰役
青岛戰役中登陸青島的日本水兵
1914年7月28日，第一次世界大戰爆發。日本作為協約國成員，於1914年8月23日向德意志帝國宣戰，出兵膠州灣租借地，發動了青島戰役。1914年11月7日本占領膠州灣，並透過《二十一條》對其實施軍事統治。直到1922年2月4日，在華盛頓會議上，中日兩國簽訂《解決山東懸案條約》。同年12月10日，中華民國正式收復膠州灣。
因為在第一次世界大戰中歐洲戰場軍需激增，日本的經濟從中獲益很多。重工業在日本經濟中的位置也因此大幅提升，當時日本開始出現自江戶時代起的首次貿易順差。
早年，高峰让吉就提出日本应该建立「国民科学研究所」的构想，这一构想后来得到了資本家涩泽荣一的响应，於1917年由日本政府补助经费，加上民间的捐款，成立了理化学研究所，其原子物理研究促进了日本後來在二戰時期的核武器研制。同年，俄共推翻了克伦斯基的临时政府，夺取了彼得格勒的政权。
干涉苏俄
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主条目：西伯利亞干涉
西伯利亚干涉中的同盟国眾軍官
1918年3月苏维埃俄国与德国单独議和，签订了《布列斯特-立陶夫斯克条约》，苏俄退出第一次世界大战。为此，协约国决定武装干涉苏俄革命，俄国白军得到日本等協約國成員支援推翻布尔什维克政权。1918年，第一次世界大战的协约国派遣军队在西伯利亚东面海岸登陆，直接武装支援俄国白军推翻在西伯利亚的布尔什维克政权。事件最後失敗告终，蘇聯共产政府確立。1920年协约国撤出俄国，日本军队鑑于1920年2月至3月發生廟街事件後與莫斯科布尔什维克政府交涉不果，一直駐守西伯利亚至1922年，並佔領库页岛北部，直至1925年与苏联建交後才撤出該地。
一戰協約國勝利後，根据在1919年6月28日簽署的《凡尔赛条约》，將德國在山東半島的权益轉交日本，太平洋赤道以北的国际联盟托管地亦委任日本统治。1922年，日本在其委任统治的南洋群岛上设置的南洋廳，行政首府位於帕劳群岛的科罗尔岛。數學家高木貞治在一戰期間完成了類域論中的高木存在性定理的證明，並於1920年提交到国际数学家大会，導致1920年代類域論古典理论的發展。戰後日本政局出現不穩，權貴與政黨不斷抗爭，發生第二次護憲運動。
1922年2月6日，华盛顿会议舉行，达成《四国公约》《限制海军军备条约》，及《九国公约》
大正民主
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主条目：大正民主
1925年實行全民普選，由唯一的元老西園寺公望推薦總理大臣，日本進入大正民主時期。日本為1920年建立之國際聯盟的創始會員國及常任理事國。
1921年，大正天皇因病而由太子裕仁攝政。1923年9月，日本關東大地震[28]，死亡人數達十三萬人。1926年12月25日，大正天皇駕崩，皇太子裕仁繼位，是為昭和時代。翌年，臺灣總督府宣布，開始臺灣日治時期極重要的水利工程——嘉南大圳[29]，並於1930年竣工[30]。1927年4月，由于日本政府救濟臺灣銀行失敗，陷全國金融於險地，史稱「昭和金融恐慌」[31]。1928年，八木秀次和宇田新太郎兩人發明了引向天线，後來被应用在无线电测向和长距离无线电通信。1930年，世界經濟陷入嚴重衰退，日本未能倖免。在此期間，濱口、犬養和岡田內閣為挽救經濟，主張削減軍費，使軍部和右翼組織不滿，三人亦先後被暗殺[32]。1931年，日本發動九一八事變。1932年，日本發動一·二八事變。在1933年3月27日，日本因扶植傀儡國家满洲国而引发國際危機，於1935年3月27日退出國際聯盟。1935年，汤川秀树以核作用力的理论基础预言介子的存在。
軍國體制
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主条目：軍國主義
政黨政治日漸衰落（例如田中義一主張懲罰殺害張作霖的兇手而被迫下台），內閣總理大臣甚至會被軍人政變刺殺（如五一五事件與二二六事件）或任意廢立（總理大臣意見或政策若與軍部不同調，便會遭到軍方倒閣撤廢，換上親軍部的人馬），二二六事件之後，统制派首腦東條英機等軍人集團漸漸掌握內閣與議會的控制權。1936年2月26日，發生了二二六事件[33]，随后冈田启介内阁倒台，廣田弘毅組閣，建立以天皇及軍部為本的法西斯體制[34]。广田弘毅迫于军方压力在上台后恢复了军部大臣现役武官制，此后军部的势力开始扩张。
入侵中国
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主条目：中國抗日戰爭
1937年8月13日，日军攻陷北平市
统制派軍人東條英機掌權後，立刻策動了對外用兵，基於他是陸軍身份調動了東北亞的部隊，对中國開展大规模侵略。此時日本尚處於地區戰爭階段，1937年，武见太郎建造了世界第一台便携式心电图仪，并在1939年发明了心向量图机。1937年7月7日，日軍策動盧溝橋事變，全面入侵中國，引發中日戰爭。
因為日本在對中國的戰爭中持續消耗物資，加上美英荷三國對日實施經濟制裁，為了打破僵局，軍部內分做兩種派系：一派主張趁蘇德戰爭蘇軍主力在歐洲，往滿洲國北部的西伯利亞擴張，另一派則主張南下東南亞。在1941年4月13日日本與蘇聯簽訂蘇日中立條約，日本簽此條約之目的是確保滿洲國北部邊界不會爆发戰爭，影响到南進政策的實行。而在1941年6月22日，德国開始巴巴罗萨行动进攻苏联，希特勒随即邀請日本加入。北進派乘機要求應德國要求出兵西伯利亞背刺蘇聯，日本大本營亦一度動搖，命關東軍在滿洲國佈兵演習準備入侵，史稱關特演。但随著德軍進攻受阻，加上日本急需資源，大本营便考虑与英美荷开战的可能性，最終決定向東南亚進發前往掠奪急需的石油資源[35]。
中日戰爭時日軍佔領華東平原，包括首都南京，杀害中國軍民，史稱南京大屠殺[36]，估計被殺人數約三十萬人[37][註 3]，蔣中正率領的國民革命軍祇能退守中國西南一帶[38]。但其後戰情僵持不下，令日軍陷入消耗戰；曠日持久，消耗日軍大量人力、物力和財力。[39]
兵下南洋
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主条目：太平洋戰爭和三國同盟條約
日军进犯马来亚吉隆坡
《德意日三国同盟条约》在1940年9月27日由日本與德国及意大利在柏林签署。此项协定正式确立了柏林-羅馬-東京軸心国同盟关系，并被认为是对美国的警告：要么保持中立，要么腹背受敌。条约中，三国同意在未来10年他们会“支持及与对方互相合作……以期实现她们建立与维持新秩序的目标，以期提倡互惠互利与有关人民之福祉” 。三国确认对方的势力范围，并承诺“以政经与军事之力，协助任何仍未参与战争而被攻击的一方”。而条款中的攻击者不包括苏联。条约补充1936年的德日协定和反共产国际协定之不足，并消除德国与日本因1939年苏德互不侵犯条约而起的嫌隙。后来，匈牙利王國（1940年11月20日）、罗马尼亚王國、斯洛伐克共和國（1940年11月23日）加入簽署三國同盟正式加入轴心國。保加利亚王國在1941年3月1日加入。
日本1940年9月派軍進駐维希法国所控制的越南北部，切斷了中国賴以取得同盟國军火的中越铁路。1941年4月，日本派遣外交官前往華盛頓特區談判，但談判破裂告終。日本遂於7月2日決定增派部隊至越南。而美國則於7月25日凍結日本在美資產，並8月1日對「所有侵略國」實施石油禁運與經濟制裁，英國與荷蘭亦同時實施對日經濟制裁。對於石油、鋼鐵、工具母機有70%從美國進口的日本來說，這政策極為致命，除非日本將軍隊撤出中南半島，否則日本國內儲存的石油資源將會耗盡。日本不接受此條件，並稱這三國和中國為ABCD包圍網。
1938年，海軍第一舰队扶桑、榛名、山城三艘战舰
戰爭的第一槍在马来亚打響。日本時間1941年12月8日凌晨00:30，日軍發動马来亚战役，首先在马来半岛北端吉兰丹哥打峇鲁海岸开始炮轰岸面登陆作战，当时距離珍珠港事件发生前还有约48分钟。这场战役中，日軍以难以置信的速度攻破英军防线，使得英军只能一退再退最终撤退到新加坡，最后以日军的胜利告终。日軍以少许代价占领了整个马来半岛以及新加坡，远比大本营预计占领时间还要短上许多，因此該戰役被稱為马来亚閃擊戰。马来亚战役爆发後不足一小時，日軍於東岸時間1941年12月7日，偷襲夏威夷的美军基地珍珠港，並正式向美國、英國和荷蘭宣戰。珍珠港事件後日本迅速進攻太平洋區內美國、英國、荷蘭的殖民地，包括馬來亞、荷屬東印度、菲律賓、新幾內亞、香港、所羅門群島等地，佔領及扶植多個傀儡政權，大批同盟國士官被日軍俘虜。泰國在日本軍事壓力之下，發出通諜：要么軍事同盟讓日軍通過泰國、要么被入侵，加上泰政府獨裁，選擇了和日本同盟，但仍拒絕簽署三國同盟條約，最終加入了軸心國陣營。泰國軍隊參與了緬甸戰役及馬來亞战役並獲得了大片土地。
這段時間裡，日本勢力向西達至英屬印度、以東至新幾內亞群岛，形成「絕對國防圈」，能掩護日本的海上戰略資源運輸。除了對東南亞英美荷殖民地的攻佔外，日本接連佔領太平洋的各個島嶼，由於美國太平洋艦隊在珍珠港中被摧毀，無法援助其戰區，且日軍大規模進攻，島嶼紛紛被日軍所佔領。日軍在各島上修築各個不同的防禦工事和機場，使得日本的「絕對國防圈」範圍不斷擴增，但兵力大量分散。此外日軍還有試過對澳洲的達爾文展開空襲，並在澳洲的東部海域攻擊沿岸與來往的商船，但在空襲與攻擊沿岸後未即時登陸，且在不久後盟軍開始反攻，失去進攻澳洲的機會。在海上，日本海軍局部巡弋陸續消滅盟國海軍，其中最大的戰果是在印度洋空襲中將英國皇家海軍徹底逐出太平洋。日本海軍攻擊美國西海岸。
战局转折
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主条目：中途島海戰
於中途島戰役，日本海軍損失多艘主力船艦
1942年5月4日，珊瑚海海戰爆发，是太平洋戰爭中的一場重要戰役。這是歷史上第一次使用航空母艦的海戰，為一個月後的中途島海戰拉開了序幕。日本在1942年4月18日的杜立特空襲後，為了防範美軍持續由側翼直接攻擊日本本土，日本海軍大將山本五十六便積極策劃對中途島的攻佔作戰計畫，原本預計所有參與偷襲珍珠港的南雲艦隊的六艘航空母艦要全部參戰，為日軍攻擊中途島時提供空中支援以及隨時殲滅出現的美軍機動部隊，但由於日軍在新幾內亞地區發動FS作戰而引發珊瑚海海戰，讓六艘航空母艦中的兩艘「翔鶴」與「瑞鶴」航空母艦無法參戰，使南雲艦隊減損33%的空中兵力，但日軍仍按照既定計畫，於1942年5月28日發動中途島作戰計畫。
由於日方的密碼被美軍破譯成功，美軍在日軍進攻中途島前就已作好準備，除了強化中途島本身的防禦力量外，尼米茲也要求剛由珊瑚海海戰回到珍珠港的「企業號」以及「大黃蜂號」航空母艦由斯普魯恩斯少將領軍，駛往中途島東北海域埋伏，同時也令在珊瑚海海戰中受重傷，當時在珍珠港大修中的「約克鎮號」航空母艦執行緊急修理，於3日後組成另一支特混編隊，由法蘭克·傑克·弗萊徹少將領軍，駛向中途島東北海域與斯普魯恩斯的艦隊會合。
1942年6月4日晨南雲部隊開始空襲中途島，然而因為南雲艦隊發生一連串的戰術判斷失誤（其中包含偵察機未搜尋到美艦隊，中途島攻擊部隊返航以及中途島陸基航空部隊攻擊等），讓埋伏在東北海域的美軍特混編隊有機可趁，首先對日艦隊發動攻擊，讓南雲艦隊中的「赤城」、「加賀」和「蒼龍」號航空母艦被美軍俯衝轟炸機的炸彈擊中起火，並於當晚陸續沉沒。而「飛龍」號的航空機隊隨後對美軍艦隊發動反擊，也讓美軍的「約克鎮號」航空母艦受到重創，後來日軍伊-168號潛艦發現了約克鎮號，隨即發射魚雷擊沉約克鎮號。而發動攻擊的「飛龍」號航空母艦也被美軍攻擊後沉入大海。
在南雲艦隊損失4艘航空母艦後，由於空中攻擊力量完全喪失，山本大將不得不向全軍宣布撤消戰役計畫並開始撤退，此戰役以美軍勝利而告終，也因為日軍損失過於巨大（四艘航空母艦、200架以上的艦載機以及訓練有素的飛行員），讓日軍在短期內無法再發動大型的戰役，美軍得以獲得寶貴的喘息時間，故中途島戰役在太平洋戰爭中具有極重要的地位，也是整個太平洋戰爭的轉捩點。[40]
1938年以来，日军以「扫荡」、「三光作战」，试图稳定中國的日佔區，但仍无法扭转整体局势。
最终降服
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主条目：日本投降
戰爭後期，美國海軍陸戰隊接連攻下硫磺島和沖繩島，美軍B-29轟炸機隨即密集轰炸日本本土，許多城市遇襲，市民傷亡慘重、工業設施盡毀，並重創日本的飛機工廠和機場[41]。1945年8月6日和9日，美军依次在廣島市和长崎市投下两枚原子弹，即廣島與長崎原子彈爆炸；同時苏联亦於8月8日對日本宣戰，佔領滿洲及朝鲜半岛北部。8月15日，裕仁天皇以電台廣播宣佈向同盟國投降，时任日本内阁总理大臣铃木贯太郎也在同日下午宣布内阁总辞。9月2日，日本政府簽署《降伏文書》，接受波茨坦宣言，正式投降，並將領土範圍限於本州、北海道、九州、四國以及其他指定島嶼[42]。第二次世界大战正式結束[43]，大日本帝国实质性灭亡，但日本政府直到1947年《和平宪法》颁布后才放弃大日本帝国的称号，改称日本国。日本於明治维新后所佔領，位于东亚和东南亚地区的领土，在战后則被中华民国和东南亚各国分別收回，琉球群岛和硫磺岛亦由美国军事占领，其后，美国陆续将这些地区归还日本，但美国并未归还原属日本的北马里亚纳群岛，而北方四岛则被苏联和继承国俄罗斯联邦占领至今。
在战争结束后，同盟国也对大日本帝国的战争罪行开展了清算，包括在战争期间担任首相的广田弘毅、平沼骐一郎、东条英机、小矶国昭等均被逮捕，前首相近卫文麿也因被列在战犯名单上而选择自杀以逃避审判。经过远东国际军事法庭的审理后，东条英机、松井石根、板垣征四郎、土肥原贤二、广田弘毅、木村兵太郎、武藤章等七名战犯被判处绞刑，并在1948年12月23日执行。其余战犯均被判处相应徒刑。